บทบาทของแบคทีเรียอีโคลิกัทในโรคโครห์นเป็นเวลาหลายปีพบว่าการอักเสบในลำไส้จะปลดปล่อยสารเคมีที่ช่วยบำรุงการเจริญเติบโตของแบคทีเรียและส่งเสริมความสามารถในการทำให้เกิดการอักเสบแนวทางใหม่สำหรับการรักษาที่เลือกรบกวนสารประกอบที่ป้อนอีโคลิกัท เมือกเมตาโบไลต์กระตุ้นการเติบโตและความรุนแรงของอีโคลิกัทที่เชื่อมโยงกับโรคโครห์น
ซึ่งเป็นโรคลำไส้อักเสบที่มีผลต่อส่วนสุดท้ายของลำไส้เล็ก แยกเชื้อ E. coli ชนิดหนึ่งที่เรียกว่า advantage and invasive E.coli ซึ่งเกาะติดและบุกรุกเซลล์เยื่อบุผิวที่เพาะเลี้ยงจากลำไส้และทำซ้ำในเซลล์เม็ดเลือดขาวที่ป้องกัน แยกได้ ผู้ป่วย 21 ถึง 63% ที่เป็นโรค Crohn ileal นักวิจัยชั้นนำที่สงสัยว่า AIEC มีบทบาทสำคัญในกระบวนการเกิดโรค แผนงานผู้ป่วยแบบใหม่ทั้งหมดที่เราอาจต้องการกำหนดเป้าหมายเพื่อหยุด E.coli ที่เกี่ยวข้องของ Crohn จากการเติบโตและกระตุ้นการอักเสบความบกพร่องทางพันธุกรรม อาหาร และแบคทีเรียในลำไส้ล้วนต้องสงสัยว่ามีบทบาทในโรคโครห์น จากการศึกษาพบว่าการอักเสบและองค์ประกอบของไมโครไบโอมเชื่อมโยงกัน เช่น เมื่อลำไส้อักเสบ ไมโครไบโอมจะเปลี่ยนจากแบคทีเรียที่มีประโยชน์มากกว่าไปเป็นแบคทีเรียที่ไม่เป็นมิตร เช่น อีโคไล